ตัวจุลินทรีย์จะ metabolize โดยปล่อยเอนไซม์หลายชนิด บางตัวช่วยทำละลายฟอสเฟส (อนุภาคสำคัญของปุ๋ย) สร้างฮอร์โมนพืช ตรึงไนโตรเจน ช่วยพืชดูดซับน้ำ สารอาหาร พัฒนาราก และการแลกเปลี่ยนสารละลาย osmosis ช่วยให้พืชเข้าถึงธาตุอาหารในดิน (และปุ๋ย)ได้ และยังเพิ่มประสิทธิภาพของการนำสารอาหารในดิน(และปุ๋ย)ในบริเวณราก ไปใช้ได้ดีขึ้น ลดการใช้ปุ๋ยโดยรวม ขณะเดียวกันยังสามารถช่วยผลผลิตได้